ביום 21.9.05 פנה המוקד להגנת הפרט במכתב דחוף למחלקת הבג"צים בפרקליטות המדינה בנושא החזרת השירותים הבסיסיים לאוכלוסייה האזרחית ברצועת עזה לאחר הפינוי. מכתב דחוף קודם ששלח המוקד באותו עניין, לא נענה. יש לציין, שלמרות שתוכנית ההתנתקות היתה עובדה מוגמרת מזה למעלה מחצי שנה, הפינוי לא לווה בתוכניות מסודרות, אשר יבטיחו את המשך החיים התקינים של האוכלוסייה האזרחית הפלסטינית.
המוקד מעלה שורה של בעיות שנוצרו כתוצאה מנסיגת הצבא מהרצועה וסגירתה ההרמטית:
§ יציאה מהרצועה לחו"ל: לאחר פינוי הרצועה נסגר מעבר רפיח בצורה הרמטית לדרישת ישראל, אך ישראל לא הכינה מבעוד מועד פתרון כלשהו לתקופת הביניים שיאפשר יציאה של פלסטינים מהרצועה לחו"ל, ולו במקרים הומניטריים דחופים.
§ כניסה לישראל לצורך מעבר לגדה: ישראל הודיעה כי מעתה, יוכלו פלסטינים המבקשים להשיג על סירוב לבקשתם לעבור מעזה לגדה, לפנות לצבא רק דרך ועדת השגות, המורכבת מנציגים פלסטינים. זהותו של הגוף האמור לטפל בעניין מטעם ישראל נותרה עלומה. הסדר זה אינו אלא ניסיון לשבש את יכולתם של ארגוני זכויות האדם לייצג את הפלסטינים מול הצבא ואת זכותו של המסורב לייצוג משפטי כרצונו.
§ ההסדר הצפוי לכניסה לישראל: עם
הכרזת ישראל כי הסתיים הממשל הצבאי ברצועה, אמורות הסמכויות בעניין, לרבות אישור המעבר מעזה לגדה, לעבור לשר הפנים. המוקד דורש כי ככל הנוגע לכניסה לישראל לצורך מעבר לגדה המערבית, יש לאצול את הסמכות לאלוף פיקוד המרכז. זאת, מאחר שהסמכות למנוע מעבר בין עזה לגדה מחייבת שקילת שיקולים ביטחונים בלבד, ואין מקום לשיקולים המאפיינים בדרך כלל את החלטות משרד הפנים. הטיפול במתן ההיתרים למעבר בין עזה לגדה אמור להתבצע בהתאם לחובות ישראל על פי הדין הבינלאומי בלבד.
§ כניסת ישראלים לרצועה: למוקד נודע כי תושבות ישראל המתגוררות עם בני זוגן וילדיהן בעזה נדרשות לחזור לישראל, ונאמר להן כי לא יוכלו לשוב לרצועה מרגע שיצאו ממנה. זאת, בניגוד גמור ל"נוהל משפחות חצויות", המאפשר זה שנים רבות את כניסתן לרצועה ויציאתן ממנה. הנוהל אף עוגן בהתחייבות הצבא בפני בג"ץ. המוקד דורש כי יימצא פתרון דחוף לעניין זה, וכן לביקורים של קרובי משפחה אחרים מישראל ברצועה וביקורים משפחתיים בחגים, כפי שהיה מקובל עד כה.
המוקד דורש, על כן, לדעת מה בכוונת ישראל לעשות כדי להחזיר את החיים האזרחיים למסלולם באופן מיידי. עד היום, טרם נמסר על כל פתרון ביניים סביר עד להתבהרות המצב הנורמטיבי החדש. השתהות זו פוגעת פגיעה קשה ומיותרת באוכלוסייה האזרחית הפלסטינית בעזה.
עדכון:
ביום 22.9.05 העבירה פרקליטות המדינה את תגובתה לבעיות שהעלה המוקד במכתביו. לטענתה, במסגרת יציאת הצבא מרצועת עזה, ניתנה הדעת בעניין הצורך לתת מענה לאוכלוסייה האזרחית ברצועה. אך על פי האמור בתגובה, רק בימים אלה נערכת עבודת המטה שנועדה להסדיר את סוגיות הכניסה לרצועה והיציאה ממנה לאחר ההתנתקות. לטענת המדינה, קיימים כיום הסדרים זמניים המספקים מענה לבעיות המתעוררות בתקופת הביניים, אך כאשר היא מתבקשת לענות על הטענות הספציפיות שהעלה המוקד - נראה כי לרבות מהבעיות לא נמצא פתרון, ולו זמני.
לתשובת המדינה מיום 22.9.05 לפניית המוקד למחלקת הבג"צים בפרקליטות המדינה מיום 21.9.05
לפניית המוקד למחלקת הבג"צים בפרקליטות המדינה מיום 13.9.05
למנשר בדבר סיום הממשל הצבאי מיום 12.9.05
למאמר העוסק בתוכנית ההתנתקות בראי המשפט ההומניטרי הבינלאומי (IHL) (מאתר International Humanitarian Law Research Initiative)
לדוח משותף של המוקד להגנת הפרט ובצלם: כלא עזה – חופש התנועה מרצועת עזה ואליה ערב תכנית ההתנתקות 
