הקוד נכתב על פי הזמנת נשיא ארצות הברית לינקולן, וכולל רשימה מקיפה של כללי התנהגות לשימושם של חיילי הצפון. עקרונות רבים של הקוד, ביניהם האיסור המוחלט על עינויים, נקלטים במשפט ההומניטארי הבינלאומי.

האמנה היא ליבו של החוק ההומניטארי הבינלאומי. סעיפים 32-31 קובעים, כי "אין להשתמש כלפי מוגנים בשום כפייה גופנית או מוסרית, ובפרט לשם השגת ידיעות מהם או מצד שלישי"; וכי למדינות "אסור לנקוט שום אמצעי שיש בו כדי לגרום לסבלם הגופני או להשמדתם של המוגנים אשר בידם. איסור זה חל לא רק על רצח, עינויים, עונשי גוף, השחתת גוף וניסיונות רפואיים או מדעיים, שאין הטיפול הרפואי במוגן מצריכים, אלא גם על שאר מעשי אכזריות, אם בידי סוכנים אזרחיים ואם בידי סוכנים צבאיים".
ישראל מאשרת את האמנה ביום 6.7.1951.

סעיף 3 של ההצהרה קובע, כי "אין בשום מצב כדי להצדיק או להרשות עינויים או יחס לא-אנושי או משפיל אחר. נסיבות יוצאות דופן כגון מצב מלחמה או איום במלחמה, אי-יציבות פוליטית פנימית או כל מצב חירום ציבורי אחר, לא תשמשנה כצידוק לעינויים או עונש אכזרי, לא-אנושי או משפיל אחר".

סעיף 5 קובע, כי "אדם הממונה על אכיפת החוק לא יגרום, ייזום או ירשה כל פעולת עינויים, או יחס או עונש אחר שהוא אכזרי, לא אנושי או משפיל, וכן לא יביא כצידוק לעינויים פקודות מגבוה, או נסיבות יוצאות דופן כגון מלחמה או איום במלחמה, איום לביטחון הלאומי, חוסר יציבות פוליטית פנימית או כל מצב חירום ציבורי אחר".
כללי התנהגות לאנשים הממונים על אכיפת החוק

הרצח מבוצע על ידי אהוד יתום (לימים חבר כנסת) ובהוראת ראש השב"כ אברהם שלום. הפרשה נחשפת בעקבות פרסום של העיתון "חדשות" הכולל צילום שצילם אלכס ליבק, ובו נראה אחד הפלסטינים שנרצחו מוחזק בידי חוקרי השב"כ חי ובהכרה מלאה.
הממשלה ממנה ועדת חקירה בראשות האלוף זורע, לבדיקת הפרשה. אנשי השב"כ מציגים בפני הוועדה גרסה שיקרית מתואמת, שמעלימה את העובדה כי הרגו את הפלסטינים. ועדה נוספת, בראשות פרקליט המדינה בלטמן, נתקלת בקנוניה דומה.
הטיוח נחשף כשנה וחצי לאחר מכן, בעקבות פנייה של שלושה בכירים מהשב"כ ליועץ המשפטי לממשלה. ביוני 1986 נקברת הפרשה ללא מסקנות או הרשעה בדין – בחסותם של ראשי הממשלה דאז יצחק שמיר ושמעון פרס – באמצעות חנינה שמעניק הנשיא הרצוג ל-11 מאנשי השב"כ, עוד קודם להגשת כתבי אישום נגדם.

דברי נשיאת בית המשפט העליון, דורית בייניש, ששימשה כמשנה לפרקליט המדינה בזמן הפרשה, בכנס סגור של השב"כ בשנת 2004: "מה הדבר המדהים שהתגלה לנו בפרשה הזו? התשובה היא הכוח הבלתי מוגבל של שירות הביטחון הכללי. רק במהלך הטיפול בפרשה הבנו שהכוח יכול להיות מופנה כלפי כל אחד, גם כלפי מערכת המשפט, ואם צריך גם כלפי הדרג המדיני" (ידיעות אחרונות, 25.6.2004).

הדו"ח מבוסס על עדויות נחקרים בבית הסוהר הצבאי בשכם ומפרט את שיטות החקירה והעינויים של השב"כ:
כיסוי ראש בשק; בידוד ממושך בתאים מלוכלכים ומוצפי מים; הכאות שגרתיות; מקלחות קרות; פרקי זמן ארוכים של עמידה בגשם בלילה; התזת גז מדמיע בפנים; מניעת מזון ושינה; השפלה: כפייה לאונן מול החוקרים או לדבר אל הקיר, התייחסות אל העציר כאילו היה חמור – גוררים אותו על ארבע כשהוא קשור בחבל על הצוואר וחוקר רוכב על גבו.

דברי נשיאת בית המשפט העליון, דורית בייניש, ששימשה ב-1984 כמשנה לפרקליט המדינה, בכנס סגור של השב"כ בשנת 2004: "בראשית שנות ה-80 ערכתי סיור בלווית היועץ המשפטי של השירות וראש אגף החקירות במתקן בחברון. ראינו פטנטים מתוחכמים. האם יכולנו להעלות על הדעת שבלילה, בקור של אפס מעלות, על המרפסת באותו מתקן, יקשרו אדם לצינור כך שלא יוכל לזוז ויקפא למוות?" (ידיעות אחרונות, 25.6.2004).

האמנה שוללת כל צידוק לעינויים, ומחייבת את המדינות החברות לנקוט אמצעים מעשיים למניעתם, גם בתחום החקיקה הפלילית והענישה.
ישראל חותמת על האמנה ביום 22.10.1986 ומאשררת אותה ביום 4.8.1991.

כלא אל-חיאם פועל בשליטה אפקטיבית של ישראל. מוחזקים בו מאות עצירים, חלקם קטינים, באופן בלתי חוקי, מחוץ לכל מסגרת משפטית, ומבלי שניתנת להם הזכות להיפגש עם עורך דין. הכלואים מוחזקים שנים ארוכות בתנאים פיזיים מחפירים ותת-אנושיים, ומרביתם נחקרים תוך שימוש בשיטות אכזריות ועינויים קשים. על פי דו"ח אמנסטי משנת 1997, מאז 1985 נפטרו לפחות 11 עצירים באל-חיאם, חלקם כתוצאה מעינויים ומטיפול רפואי לקוי.
במרץ 1999 עותרים המוקד להגנת הפרט והאגודה לזכויות האזרח לבג"ץ, להורות לשר הביטחון לשחרר עצירים מכלא אל-חיאם או לחלופין, לאפשר לעורכי דינם לבקרם בכלאם.
לפרטים נוספים על כלא אל-חיאם ועתירות המוקד להגנת הפרט

בפסק הדין בערעורו של קצין הצבא, סגן עיזאת נאפסו, שהורשע בשנת 1981 בבגידה ובסיוע לאויב במלחמה, קובע בית המשפט העליון כי הודאותיו של הקצין ניתנו לאחר שחוקרי השב"כ עינו אותו והתעללו בו, פיזית ונפשית, בשיטות שונות.
הפרקליט הצבאי הראשי מודה בפני בית המשפט, כי חוקרי השב"כ שיקרו בעדותם תחת שבועה בפני בית המשפט הצבאי, כאשר טענו כי "לא הופעלו אמצעי לחץ" על הנחקר.
בית המשפט העליון מבטל את פסקי הדין של הערכאות הצבאיות. נאפסו משוחרר.

הוועדה, שהוקמה בעקבות פרשת קו 300 ומשפט נאפסו, מדגישה כי "אסור להפריז בהפעלת לחץ על נחקר; אסור שהלחץ יגיע לדרגת עינויים גופניים או התעללות בנחקר או פגיעה חמורה בכבודו השוללת ממנו צלם אנוש". עם זאת, מקבלת הוועדה את עמדת השב"כ וקובעת, כי "חקירה יעילה של חשודים בפח"ע לא תיתכן בלי שימוש באמצעי לחץ [...]. אין להימנע מהפעלת מידה מתונה של לחץ פיסי".
החלק החשאי של הדו"ח משרטט קו מנחה של שיטות מותרות של עינויים, תחת הביטוי "הפעלת לחץ בחקירה".
המלצות ועדת לנדוי מנוגדות לחוק הבינלאומי. על אף זאת מאמצת אותן ממשלת ישראל ובתי המשפט מתבססים עליהן בעת שהם דוחים עתירות בנוגע לתלונות על עינויים בחקירה. השב"כ רואה במסקנות אלו הרשאה גורפת להמשיך ולענות נחקרים פלסטינים.

ועדת לנדוי מציינת עוד, כי השב"כ אימץ ויישם "שיטה של מתן עדות שקר בבתי משפט", נורמה שהיתה נהוגה, לדברי חוקרי השב"כ, "בידיעת הדרג המדיני ועל דעתו", תוך הסכמה שבשתיקה של מערכת התביעה האזרחית והצבאית ואף של בתי המשפט עצמם. הדו"ח קובע כי "השב"כ [...] נכשל כשלון חמור בכך שראה היתר לעצמו להפר בצורה שיטתית וממושכת את החוק על ידי הסכמה, אישור ואפילו עידוד של מתן עדויות שקר בבתי המשפט".
דו"ח ועדת לנדוי

הדו"ח מציג עשרות עדויות, המתארות שיטות ודפוסים של התעללויות ועינויים במתקני החקירות של עשרה בתי סוהר ומתקני מעצר בשטחים הכבושים ובירושלים.

הוועדה מוקמת במשרד המשפטים בראשות המשנה לפרקליטת המדינה, עו"ד רחל סוכר, לאחר שבשנים 1989-1988 מתו 18 עצירים פלסטינים במהלך החזקתם וחקירתם בידי "כוחות הביטחון". דו"ח הוועדה נותר חסוי. על פי פרסומים בעיתונות (ידיעות אחרונות, 11.1.1995), הדו"ח "חמור ביותר": השב"כ לא מיישם את המלצות ועדת לנדוי, העינויים במתקני החקירות נעשים באופן שיגרתי וחוקרי השב"כ ממשיכים במתן עדויות שקר בבתי המשפט.

הביקורת על פעילות השב"כ, בין השאר בוועדת לנדוי, מובילה להקמת המבת"ן (מבקר תלונות נחקרים), שאליו ניתן להפנות תלונות בחשד להתנהלות לא תקינה של חוקרי השב"כ. את התפקיד מאייש איש השב"כ, איבר מאיבריה של המערכת אותה עליו לחקור.
דו"ח בדיקה של תלונה שנכתב על-ידי המבת"ן, מועבר לממונה על המבת"ן בפרקליטות המדינה, שאמור לבחון את הבדיקה, ולאשרה.
עם השנים מתברר כי המנגנון הפנימי לבדיקת התלונות יוצר את התוצאה ההפוכה – טיוח במקום פיקוח. המבת"ן והממונה עליו מביאים לסגירתן הגורפת של אלפי תלונות, ללא חקירה פלילית, כתב אישום או העמדה לדין.
לדוגמה, בין השנים 2008-2001 הוגשו למבת"ן 598 תלונות על עינויים והתעללויות של חוקרי השב"כ. מתוך כל התלונות הללו, לא הועבר ולו מקרה אחד לחקירה פלילית.
עתירת המוקד להגנת הפרט לבדיקה מהירה ויעילה של תלונות על עינויים במהלך חקירות השב"כ

החוק קובע, כי "אין פוגעים בחייו, בגופו או בכבודו של אדם באשר הוא אדם" (סעיף 2), וכי "כל אדם זכאי להגנה על חייו, על גופו ועל כבודו" (סעיף 4). החוק מבהיר, כי אסור לפגוע בזכויות המפורטות בו, אלא באמצעות חקיקת חוק שהולם את ערכיה של מדינת ישראל ושנועד לתכלית ראויה.

עתירת הוועד הציבורי נגד עינויים נדחית בטענה כי היא כוללנית.
במסגרת העתירה מוגש לבית המשפט תצהיר של ראש השב"כ, המפרט שינויים בנהלי חקירתם של עצורים ביטחוניים. בנוהל החדש מודגש כי אין להשפיל, לפגוע או לענות נחקרים, וכי חל איסור על הרעבת נחקר, מניעת שתייה או מזון, מניעת יציאתו של נחקר לשירותים והפקרתו לחום או קור.
עדויות רבות של נחקרים מבהירות כי חוקרי השב"כ מפירים את הוראות הנוהל החדש וממשיכים לענות נחקרים פלסטינים באופן שיטתי, במגוון שיטות אכזריות.

הגנת הצורך (סעיף 34יא) – שקיימת במשפט הישראלי מראשיתו – נועדה לפטור אזרחים מאחריות פלילית לגבי מצבים יוצאי דופן, חריגים ובלתי ניתנים להכללה מראש. החוק לא נותן הרשאה מראש לשימוש באמצעים פסולים, אלא קובע שאם יהיה שימוש באמצעי, ובדיעבד יסתבר שהייתה לו הצדקה, האדם לא יישא באחריות פלילית.
לדוגמה: אדם שפורץ לבית שעולה באש, מתוך כוונה לחלץ ממנו ילדים, יוכל לטעון שפעל בתנאים של "צורך". עם זאת, החוק אינו מתיר מראש לפרוץ לבתים ואינו פוטר את הפורץ מהעמדה לדין פלילי.
לאורך השנים משתמש השב"כ באופן לא חוקי בסעיף ה"צורך", כמקור להפעלת סמכותם של חוקרי השב"כ.

זאת ועוד, סעיף 277 לחוק העונשין קובע, כי לעובד ציבור אסור להשתמש בכוח או לאיים על אדם, בפגיעה בגופו או בנכסיו, שלו או של אחר, כדי לסחוט ממנו או מאחר הודאה בעבירה או מידע בדבר עבירה.
חוק העונשין, תשל"ז-1977

בעתירה עקרונית טוען הוועד הציבורי נגד עינויים, כי סמכות השב"כ ושיטות החקירה שלו מעולם לא הותרו על פי חוק, וכי ועדת לנדוי הכשירה אמצעים של עינויי הגוף והנפש והשפלת נחקרים, המנוגדים לחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו ולמשפט הבינלאומי.
בג"ץ קיבל עתירה זו ועתירות נוספות, ביניהן עתירת המוקד להגנת הפרט, בספטמבר 1999.

הדו"ח קובע, כי חוקרי השב"כ חורגים ביודעין, באופן קשה ושיטתי, מקביעותיה של ועדת לנדוי ומנהלי השב"כ, וכי השב"כ לא ממצה את חומרת הדין עם חוקרים שחרגו או שיקרו. מבקרת המדינה מוסיפה, כי החריגות לא נובעות מאי ידיעת גבולות המותר והאסור, אלא מבוצעות ביודעין ובהכשר של צמרת השב"כ.
הדו"ח מדגיש כי גם אחרי פרסום מסקנות ועדת לנדוי, לא נעקרה התופעה של אמירת שקר של חוקרים, אם בעת מתן עדות בפני ערכאות שיפוטיות או אם בדיווחים לממונים בתוך השב"כ עצמו. הדו"ח הותר לפרסום רק בשנת 2000.

חוקרי השב"כ מטלטלים את חריזאת משך 12 שעות, עד שהוא מפסיק להגיב ומאבד את הכרתו. נתיחת הגופה קובעת כי "הנזק הקטלני למוח נגרם בעקבות הטלטולים".
בעקבות חקירת המחלקה לחקירות שוטרים (מח"ש), מגיעה פרקליטות המדינה למסקנה כי אין בראיות די כדי להוכיח את הקשר הסיבתי בין דרך חקירת המנוח לבין מותו(!).
חוקר אחד בלבד מאלה שהשתתפו בחקירה מועמד לדין משמעתי, מואשם ב"כשל טכני" ומקבל עונש של התראה.
המוקד להגנת הפרט עותר לבג"ץ בדרישה להעמיד לדין פלילי את החוקרים. המוקד טוען, כי "הגנת הצורך" אינה עומדת להגנת החוקרים במקרה זה, לא מלכתחילה ולא בדיעבד. בשנת 2002 דוחה בית המשפט את העתירה וקובע, שההחלטה שלא להעמיד את החוקרים לדין "אינה לוקה באי סבירות קיצונית ולא בפגם מהותי המצדיק התערבות".

העתירה מוגשת בעקבות הריגתו של עבד אל סאמד חריזאת בטלטולים בידי חוקרי השב"כ. האגודה לזכויות האזרח טוענת כי שיטת הטלטולים פוגעת בגוף האדם, בכבודו ואף בחייו, ומציינת כי שיטת חקירה זו מנוגדת לאמנות הבינלאומיות נגד עינויים ולדין הישראלי.
בג"ץ קיבל עתירה זו ועתירות נוספות, ביניהן עתירת המוקד להגנת הפרט, בספטמבר 1999.

ביום 20.12.1995 עותר המוקד להגנת הפרט לבג"ץ, להורות לשב"כ לחדול משימוש בעינויים במהלך חקירתם של שלושה פלסטינים. בתגובה מודיעה המדינה כי חקירת שניים מהעותרים הסתיימה, ולגבי השלישי "קיים צורך לחקור את העותר בחקירה אינטנסיבית", ולא ניתן "להתחייב כי לא ייעשה נגד העותר שימוש באמצעי טלטול".
בית המשפט מוציא צו על תנאי, המורה לשב"כ להסביר "מדוע הוא מענה את העותר" וכן צו ביניים, המורה לשב"כ "להימנע מלעשות שימוש בכוח פיזי עד למתן החלטה אחרת".
על אף צו הביניים ממשיך השב"כ לענות את הנחקר ואף מונע ממנו להיפגש עם עורך דינו. המוקד עותר בשנית. המדינה מודיעה כי מוּתרת עתה פגישה בין העותר לעורך דינו, אך מבקשת לבטל את צו הביניים שאסר על עינויים בחקירה.
ביום 11.1.1996 מבטלים שופטי בג"ץ את צו הביניים, ומתירים לשב"כ לענות את הנחקר, כולל באמצעות טלטולים, באמתלה כי מדובר ב"פצצה מתקתקת".

במסגרת פרויקט זכויות כלואים מטפל המוקד להגנת הפרט בתלונות של מאות פלסטינים שנחקרים בידי השב"כ.
העצורים נחקרים תוך שימוש בטלטולים, כבילה בתנוחות מכאיבות, כיסוי הראש בשק מצחין, מניעת שינה רצופה ושיטות עינויים נוספות. השב"כ מאיים על הנחקרים ומשפיל אותם והטיפול הרפואי בהם הוא רשלני.
השב"כ מנתק את הנחקרים מהעולם החיצוני ומונע מהם, באופן שיטתי וכחלק משיטות החקירה, את הזכות להיפגש עם עורך דין.
בעתירות, הנסמכות על תצהיריהם של הנחקרים, טוען המוקד כי אמצעי החקירה של השב"כ מנוגדים לחוק הישראלי ולאמנות הבינלאומיות עליהן חתומה ישראל, וכי סעיף "הגנת הצורך" לא נותן הרשאה מראש לשימוש באמצעים פסולים.
במרבית המקרים מוציא בית המשפט צו, המורה לשב"כ להימנע משימוש בכוח נגד העותרים עד למתן החלטה סופית בעניין. המדינה מעדיפה להתחייב שלא להשתמש בעינויים בחקירה על פני דיון מהותי בסוגיה בבית המשפט.
תצהיר, עתירת המוקד ומסמכים בעניינו של תושב חברון שנחקר על ידי השב"כ בעינויים
דף מידע שהוציא המוקד להגנת הפרט בשנת 1997 על עינויים במתקני החקירה

ההחלטה ניתנת לפי בקשת הצדדים לפני שהוכרעה שאלת האחריות. התובע נעצר בשנת 1992 ונחקר בעינויים על ידי חוקרי השב"כ, במתקנים צבאיים בטול כרם ובשכם. לאחר 33 ימי חקירה שוחרר האיש ללא שהוגש נגדו כתב אישום כשהוא במצב פסיכוטי, המתבטא בחוסר תגובה לגירויים סביבתיים, חוסר שליטה בצרכים, וחוסר יכולת לאכול בכוחות עצמו או לשרת את עצמו.
בית המשפט קובע כי על ישראל לפצות את האיש (לאחר שיסוכם עניין האחריות) על כאב וסבל ועל פגיעה בכושר השתכרות. בינואר 2000, שמונה שנים לאחר שעונה במרתפי השב"כ, מגיעים הצדדים לפשרה, לפיה משלמת מדינת ישראל לאיש 438,320 ש"ח.
כתבה שפורסמה ביום 10.3.2000 בעיתון "הארץ", המתארת את סיפורו של התובע (כל הזכויות שמורות לעיתון "הארץ" בע"מ)

בהרכב מורחב פוסלים שופטי בית המשפט העליון את שיטות החקירה של השב"כ – טלטולים, תנוחת "שבאח", כריעת צפרדע ומניעת שינה, וקובעים כי מסקנות ועדת לנדוי מנוגדות לחוק הישראלי והבינלאומי. כן נקבע, כי סייג "הצורך" שבחוק העונשין אינו מהווה מקור סמכות לשימוש בשיטות חקירה אלה.
עם זאת, קובע פסק הדין כי אם יוחלט להעמיד לדין חוקר בשל שימוש בשיטות חקירה אסורות, סייג הצורך עשוי לעמוד לו. השב"כ מתבסס על פירצה זו בפסק הדין וממשיך לענות נחקרים.
שופטי בג"ץ לא משכילים ליישם במשפט הישראלי את עמדת המשפט הבינלאומי, לפיה עינויים והתעללויות הם רע מוחלט – שאין להתירו או להצדיקו בשום מצב שהוא.

הדו"ח, המבוסס על עדויותיהם של 16 נחקרים, קובע כי על אף פסיקת בג"ץ – שהיוותה צעד חשוב בכיוון הנכון, אך השאירה על כנה את התפישה לפיה חוקר השב"כ רשאי לשקול עינויים כאופציה לגיטימית – מענה השב"כ פלסטינים דרך קבע, בשיטות "שגרתיות" ובשיטות מיוחדות, המיישמות את כלל שיטות החקירה שנאסרו על ידי בג"ץ.
ביוני 2003 קובע דו"ח נוסף של הוועד הציבורי נגד עינויים, המסתמך על תצהירים של 48 נחקרים, כי הניסיון של פסיקת בג״ץ לאפשר עינויים ״רק״ במקרים קיצוניים, ״רק״ כאילתור של חוקר ״במקרה בודד״, שיוכר כחוקי ״רק״ בדיעבד – נכשל לחלוטין. השב"כ מענה עשרות רבות של עצירים פלסטינים מדי חודש, כאשר עינויים והתעללויות הם הכלל, ומה שכינה בג״ץ ״חקירה סבירה״ הוא היוצא מן הכלל.

ועדת המשנה לפיקוח על השירותים החשאים בכנסת, מגבשת תקנות וכללים שמאפשרים את הפעלתו של החוק. התקנות מפורסמות, אך הכללים שקובעים את המותר והאסור על אנשי השב"כ נשארים חסויים. חוק השב"כ הוא החוק הראשון בספר החוקים הישראלי הכולל חלקים הנסתרים מעיניי הציבור.
חוק שירות הביטחון הכללי, התשס"ב-2002
נייר עמדה של האגודה לזכויות האזרח בעניין חוק השב"כ

בית המשפט דוחה תביעה לפיצויים בשל נכות שנגרמה לפלסטיני תושב ירושלים בעקבות עינויים שעבר באגף השב"כ במגרש הרוסים. השופט קובע כי תנאי מעצרו של התובע היו קשים, פסולים ומשפילים, וכי לא נמצא צורך חקירתי או אחר להשתמש בחלק מהאמצעים שהופעלו בחקירתו, אך כי לא עלה בידי התובע להוכיח קשר סיבתי-עובדתי בין הנזק לבין אותם אמצעים.

המוקד להגנת הפרט עותר לבג"ץ, בדרישה לסגור לאלתר את מתקן הכליאה הסודי והבלתי חוקי. בעתירה מובאות עדויות על תנאי הכליאה הבלתי אנושיים ועל אמצעי החקירה והעינויים הננקטים הרחק מעיני הציבור וללא פיקוח ובקרה. העתירה נדחית בשנת 2011, בעקבות הסדר שמציעה המדינה, שמרביתו חסוי.
האזרח הלבנוני עלי אחמד בנג'ק תיאר את חקירתו בכלא הסודי:
"הפשטה מכל הבגדים. חיפוש גופני בעזרת מכשירים... מספרים לי על מות ההורים. מצלמים אותי עם נציגים ישראלים לצורכי סחיטה... מכות בכל חלקי הגוף, במקומות הרגישים. נעל על הפה. ישיבה על מקל. מניעת שינה במשך 11 יום. חשיפת העיניים לאור חזק ומסנוור בצורה ישירה... אוכל: בצל ומים בלבד... איום באונס... הגישו לי שאריות של קפה מעורב ברוק. יורקים לי בפה ובפנים ובאוזן... שמו עכבר מת על הפה שלי. הוכנסתי לארון מלא עכברים וג'וקים" ("העיר", 26.6.1998. בעת שפורסמה הכתבה, מקום החזקתו וחקירתו של בנג'ק לא היה ידוע). בתום חקירתו מזכה בית המשפט הצבאי את בנג'ק מחמת הספק והוא משוחרר.

תלונות של נחקרים נגד חוקרים במתקן הסודי נדחות על הסף. ביוני 2005 דוחה בג"ץ את עתירת המוקד נגד ההחלטה שלא לחקור תלונות של פלסטינים, שעונו והוחזקו בתנאים בלתי אנושיים בעת חקירתם במתקן הסודי.
בשנת 2000 מגיש מוסטפה דיראני תביעת נזיקין על סך 6 מיליון ש"ח כנגד המדינה. דיראני הוחזק במתקן הסודי שנים ארוכות ונחקר בעינויים אכזריים, כולל ביצוע מעשי אונס בגופו. את החקירה ערכה יחידה 504. דיראני מצביע על החוקר המכונה "קפטן ג'ורג'" כמי שבין השאר, החדיר אלה לגופו.
תצהיר של תושב הגדה המערבית, שהוחזק במתקן הסודי בשנת 2003
לפרטים נוספים על מתקן הכליאה הסודי 1391

האיש נעצר והועבר לאגף החקירות של השב"כ בבית הסוהר "שקמה", מבלי שניתן לו להיפגש עם עורך דין. הארגונים טוענים בעתירה כי ההיתר שנותנת המדינה לביצוע עינויים בחקירה מהווה הפרה של האיסור המוחלט במשפט הישראלי והבינלאומי להפעיל עינויים ואלימות במסגרת חקירה.
יום לאחר הגשת העתירה וערב הדיון הדחוף שנקבע בה, מוסר השב"כ ש"לאור הנסיבות הידועות כיום, אין כוונה להפעיל כוח פיזי בהמשך חקירתו של מרשך". העתירה נמחקת.

ההחלטה ניתנת לפי בקשת הצדדים, לפני שהוכרעה שאלת האחריות. התובע נעצר בשנת 1997 ונחקר בעינויים. בית המשפט קובע, כי על ישראל לפצות את האיש (לאחר שיוסכם על עניין האחריות) על כאב וסבל כתוצאה מהפגיעה בזכויותיו במהלך המעצר, על פגיעה בכושר השתכרות ועל כאב וסבל כתוצאה מהנכות.

דו"ח ביקורת פנימי של פרקליטות המדינה על המבת"ן קובע כי המבת"ן "אינו יודע לעמת את נחקריו עם ממצאים שונים ועדויות סותרות, לא תמיד הוא חוקר את כל החוקרים הרלוונטיים לתלונה. הבעיה חריפה במיוחד לאור העובדה שעליו לחקור בעיקר חוקרים מוכשרים ומנוסים". עוד קובעת הפרקליטות, כי היעדר תיעוד בחקירות שב"כ "מעמיד קושי בפני המבת"ן בחקירותיו".
קיומו של הדו"ח הפנימי וקטעים ממנו מפורסמים לראשונה רק בפברואר 2013, בדו"ח ועדת טירקל (ר' עמ' 344-343).

הארגונים טוענים כי הפעלת לחץ נפשי, בדרך של הצגת מצג שווא לפיו קרובי משפחתו של נחקר עצורים ועוברים חקירה קשה, מהווה אמצעי חקירה פסול והוא בגדר עינוי נפשי האסור במסגרת שקבע בג"ץ ובמשפט הבינלאומי.
בתגובה נמסר מהיועץ המשפטי לממשלה כי אם אין עילת מעצר חוקית, אין מקום ליצור כלפי הנחקר מצג לפיו בן המשפחה עצור, וכי בעניין העותר "לא היה מקום לנקוט במהלך שכתוצאה ממנו נוצר המצג כאילו אביו [...] עצור".
דו"ח הוועד הציבורי נגד עינויים על תופעת השימוש בבני משפחה כאמצעי להפעלת לחץ על נחקר בחקירות שב"כ

פרטים נוספים על עתירה עקרונית שהגישו הארגונים בעניין באפריל 2008

הדו"ח סוקר את מסכת העינויים וההתעללויות שמפעילים "כוחות הביטחון" על עצירים פלסטינים מיום מעצרם ועד לסיום חקירתם, ומתאר את מנגנוני החיפוי והטיוח בחסות מערכת החוק במדינת ישראל. הדו"ח מבוסס על עדויותיהם של עשרות נחקרים, המספרים על שיטות החקירה השונות ועל פרקטיקות אלימות אחרות מחוץ לחדרי החקירה – הכאות, מניעת מזון, כבילה ממושכת, השפלות ואיומים שונים.

בחודש אפריל 2005 נעצר לואי אשקר והועבר לחקירת השב"כ. עם מעצרו, נבדק אשקר על ידי רופא שקבע כי "אינו סובל מבעיה גופנית או נפשית". במהלך חקירתו מענים אותו חוקרי השב"כ וגורמים לו לנכות חמורה.
עדות וידאו מתוך אתר בצלם

הוועד הציבורי נגד עינויים, האגודה לזכויות האזרח והמוקד להגנת הפרט טוענים, כי השב"כ מבזה באופן שיטתי את פסק הדין של בג"ץ משנת 1999, ומאשר עינויים והתעללויות בחקירה, באמתלה של מה שהוא מגדיר "חקירות צורך". הבקשה מגובה בדו"חות, עדויות ופרסומים רבים. בא-כוח המדינה טוען כי "פסק הדין מקוים ונשמר". ביולי 2009 דוחה בית המשפט את העתירה מטעמים טכניים, מבלי שנדרש לסוגיה העקרונית.

בינואר 1998 נעצר תושב כפר בנפת חברון. חוקרי השב"כ עינו אותו באכזריות, איימו עליו והשפילו אותו. המוקד להגנת הפרט עתר לבג"ץ, להורות לשב"כ לחדול מעינוי האיש. המדינה הודיעה כי העינויים ייפסקו והמוקד מחק את העתירה. אולם העינויים נמשכו והמוקד עתר בשנית. שוב הבטיח השב"כ כי העינויים ייפסקו. זמן קצר לאחר מחיקת העתירה השנייה, אושפז האיש במחלקה הפסיכיאטרית בכלא איילון. חודשיים לאחר מכן שוחרר מהכלא, בהיותו לא כשיר לעמוד לדין. לא מיותר להדגיש כי האיש נלקח למעצר כאשר הוא בריא בגופו ובנפשו וללא שסבל מבעיות או מחלות כלשהן. לאחר שחרורו אינו משתף פעולה עם הסביבה, סובל ממצב של חרדה, הפרעות שינה וחוסר תיאבון, ועובר לטיפול פסיכיאטרי רצוף.
בשנת 2005 מגיש המוקד תביעת פיצויים נגד מדינת ישראל בגין נזקיו של האיש, בעקבות העינויים שעבר. בנובמבר 2009 מגיעים הצדדים לפשרה, לפיה תשלם ישראל לתובע סכום של 250,000 ש"ח.
לפרטים נוספים

השופטים מתבססים בפסיקתם על תשובת המדינה, הטוענת כי כל תלונה נבדקת באופן פרטני על ידי פרקליטות המדינה, וכי מערכת הייעוץ המשפטי מקיימת ביקורת על חוקיות האמצעים. בית המשפט מתעלם מעדויות רבות של עצורים ונחקרים, המצביעות על כך שכבילה מכאיבה ומשפילה הינה פרקטיקה שגרתית של חוקרי השב"כ וחיילי הצבא.

העתירה מוגשת לאחר שלמעלה משנה לא השיב הממונה על המבת"ן (מבקר תלונות נחקרים בשב"כ) בפרקליטות המדינה, על תלונותיהם של 13 נחקרים, שחוקרי השב"כ עינו במתקן החקירות בפתח תקווה.
באורח פלא, זמן קצר לאחר הגשת העתירה, מתקבלות במוקד תשובות הממונה על המבת"ן בעניין התלונות הספציפיות. המוקד לא מוחק את העתירה, על מנת שבית המשפט יסייע בגיבוש נוהל לבדיקת תלונות דומות.
בינואר 2011 דוחה בית המשפט את העתירה על הסף, מבלי לקיים דיון ומבלי לתת למוקד שהות להשיב לטענות המדינה. בפסק הדין נכתב, כי בתגובה לעתירה הודיעה המדינה, על שינוי מבני בנוגע לסמכויות המבת"ן, כך שבדיקת תלונות נחקרי השב"כ תועבר במלואה לאחריות משרד המשפטים. מועד השינוי, נהלי הבדיקה והמפקחים עליה נשארו עלומים.
לפרטים נוספים

שני טעמים עיקריים עומדים בבסיס החלטת היועמ"ש: "הטעם הראשון נוגע לבעיה תפקודית, קרי, הקושי האינהרנטי של המבת"ן למלא את תפקידו, וזאת מעצם היותו עובד שירות הביטחון הכללי, הבודק את פעילות עמיתיו... הטעם השני נוגע בעיקרו לבעיית ה'נראות', קרי הקושי להצדיק מצב בו גורם הנתפס כגורם פנימי בשב"כ בודק תלונות – פליליות על פניהן – נגד עמיתיו לשירות" (ההדגשות במקור). נכון לפברואר 2013 לא מומשה החלטה זו.
החלטת היועץ המשפטי ונימוקיה מפורסמים בפברואר 2013 בדו"ח ועדת טירקל (ר' עמ' 345).

הדו"ח מבוסס על עדויות של כלואים וחושף תורת חקירה, המבוססת על שבירת רוחו של הנחקר באמצעות גרימת הלם וחרדה, תוך ניתוקו מכל נקודת אחיזה בחייו הרגילים, וחשיפתו לתנאים של חסך חריף בגירויים חושיים, בתנועה ובקשר אנושי. כן, גורם השב"כ להחלשתו הפיזית של הנחקר באמצעות מניעת שינה, הפחתה במזון, חשיפה לקור וחום וגרימת כאב על ידי כבילה בתנוחות גוף מעוותות.

התביעות מצביעות על כשל מערכתי של כל הרשויות המעורבות בדבר, בהגנה על זכות העצורים לכבוד ולשלמות הגוף ובהגנה על זכותם המוחלטת שלא להיות נתונים להתעללות ולעינויים.
כתבי התביעה מציגים תמונה קשה ביותר של התעללות ושימוש באמצעי חקירה פסולים, תוך הפעלת לחצים פיזיים ונפשיים על הנחקרים, העולים כדי עינויים.

הארגונים טוענים כי ההליך הפנימי לבירור תלונות, שנעשה על ידי עובד השב"כ והממונה עליו מטעם הפרקליטות, אינו עומד בדרישות הדין הבינלאומי והישראלי; על היועץ המשפטי לממשלה לפעול כדי להבטיח שכל תלונה על התעללויות או עינויים, שעל פניה אינה תלונת סרק, תיחקר במקצועיות הנדרשת על ידי המחלקה לחקירות שוטרים.

בכל המקרים נדרשה עתירה לבג"ץ על מנת לקבל את תשובת הממונה על המבת"ן (מבקר תלונות נחקרים), כי התלונה נמצאה בלתי מבוססת והתיק נסגר. המוקד להגנת הפרט ביקש לקבל לידיו את החומר עליו התבססה ההחלטה לסגור את התיקים אך לא נענה. המוקד מדגיש כי זכות העיון בחומרים הללו עומדת כחלק מזכותם של הנחקרים להליך הוגן.
לפרטים נוספים

בית המשפט הצבאי קובע כי הודאותיו של הנאשם נבעו משימוש בשיטות חקירה פסולות, וב"אמצעים שבוודאי באופן מצטבר מהווים פגיעה בזכויותיו של הנאשם ופגיעה ברצונו הטוב והחופשי".
חוקרי השב"כ הפעילו על האיש לחץ מצטבר שנועד לשבור את רוחו: מנעו ממנו תרופות; איימו בפגיעה בבני משפחתו ובהבאת אחותו למתקן השב"כ; העבירו אותו לתא מדובבים שהיכו אותו, ירקו עליו, קיללו אותו ואיימו עליו; והשתמשו באחיו כבן ערובה. בנוסף איימו חוקרי השב"כ על האיש, כי חקירתו תימשך עד שיודה וכי הוא יישאר במעצר מינהלי ללא סוף.
השופטים קובעים כי "קו חקירה שיטתי זה אינו מתיישב כלל עם זכות השתיקה ולמעשה שולל אותה לחלוטין", וכי "הפסול בחקירה כאמור לעיל התפרש על פני כל שלבי החקירה".
בית המשפט מבקר באופן חריף גם את עדויות חוקרי השב"כ, וקובע כי "עדי השב"כ תיארו בצבעים 'ורודים' מדי חקירה שהייתה קשה. [...] תיאור כמעט מושלם ואידילי זה נראה לנו הגזמה שאינה מתאימה למציאות".

הוועדה הציבורית שמינתה ממשלת ישראל מפרסמת דו"ח בעניין "הבדיקה והחקירה בישראל של תלונות וטענות בדבר הפרות של דיני הלחימה על פי המשפט הבינלאומי". מהדו"ח עולה, כי מתוך למעלה מ-700 תלונות שהוגשו נגד חוקרי שב"כ מאז שנת 1992, "המבת"ן והממונה על המבת"ן לא המליצו מעולם על פתיחה בחקירה פלילית בגין תלונה, ואף היועץ המשפטי לממשלה לא הורה מעולם לפתוח בחקירה פלילית כזו".
הוועדה קובעת כי הליקויים בהליך בדיקת התלונות נגד חוקרי השב"כ "מעוררים ספקות חמורים בדבר יכולתו של המבת"ן לנהל 'חקירה אפקטיבית'", וממליצה להעביר את האחריות לבדיקת תלונות נגד חוקרי שב"כ למחלקה לחקירות שוטרים במשרד המשפטים.
בנוסף ממליצה הוועדה כי "יהיה תיעוד חזותי מלא של החקירות", וזאת לאחר שראש השב"כ לשעבר, יובל דיסקין, בעדותו בפני הוועדה, "הציע לשקול זאת בחיוב". לדבריו, "גם אם לא כולם תמיד אוהבים את זה אני חושב שזה יהיה נכון".
דו"ח ועדת טירקל, ר' עמ' 346-343.