• החוק חל על כל מי שישראל מגדירה כ"תושב איזור", כשהכוונה במונח זה היא למי שמתגורר בשטחי הגדה המערבית או ברצועת עזה, בין שהוא רשום בהם ובין שלא, למעט תושבי ההתנחלויות (סעיף 1). פלסטינים הנופלים תחת ההגדרה לא יקבלו עוד מעמד של אזרחות או תושבות בישראל מכוח הליך לאיחוד משפחות (סעיף 2).
• בני זוג שבקשתם לאיחוד משפחות אושרה והם כבר נמצאים בתוך ההליך המדורג, ימשיכו לקבל את ההיתר שניתן להם ביום העברת החוק אך הם לא יוכלו לעבור לשלב הבא בהליך ולא יקבלו מעמד קבע בישראל (סעיף 4(1)). בקשות שטרם אושרו יידונו רק אם הוגשו לפני ההקפאה שהוכרזה במאי 2002. בחוק נקבע מפורשות כי מי שבקשתו תאושר יוכל לקבל היתרי שהייה מתחדשים אך מעמדו לא ישודרג מעבר לכך (סעיף 4(2)).
• ילדים המוגדרים כ"תושבי איזור" על פי החוק וגילם נמוך מ-12 שנים יוכלו לקבל אחד משניים – או היתרי שהייה בישראל או מעמד איזשהו בה (בין קבע ובין ארעי), לשם מניעת הפרדתם מהוריהם, השוהים כחוק בישראל (סעיף 3(1)). ילדים שגילם למעלה מ-12 לא יזכו למעמד או להיתר שהייה בישראל.

מחשש שההגבלה הגורפת בחוק לא תעמוד במבחן בג"ץ, נדרשת הממשלה לתקנו ולהכניס בו הקלות מסוימות, אלא שהתיקונים מתגלים כאחיזת עיניים; במקום להקל, במקרים מסוימים הם אף מצמצמים עוד יותר את האפשרות לאיחוד משפחות:

• בחוק נוסף חריג המאפשר להעניק לגברים תושבי השטחים מעל גיל 35 ולנשים תושבות השטחים מעל גיל 25 היתרי שהייה בישראל, מתוקף נישואיהם לתושבי המדינה (סעיף 3).
• נוסף סעיף המאפשר לדחות בקשות לאיחוד משפחות גם כאשר בן הזוג "המוזמן" עצמו אינו מהווה כל סכנה ביטחונית, אם נגד אחד מבני משפחתו עומדים חשדות ביטחוניים (סעיף 3ד). החוק מגדיר "בני משפחה" כבני זוג, הורים, ילדים, אחים וגיסים, ללא הבדל מין, והוא אינו מתייחס כלל לשאלה מה טיב הסיכון ואם יש קשר של ממש בין בן הזוג תושב השטחים לאותו בן משפחה.
• מורחבת תחולת ההגדרה של תושב השטחים (המכונה בלשון החוק "תושב איזור"): לא עוד רק מי שגר בשטחים בפועל אלא גם מי שרשום בהם, גם אם לא חי בהם מעולם וגם אם נולד בישראל (סעיף 1).
• גיל הסף לקבלת מעמד בישראל לילדים מועלה ל-14 (סעיף 3א(1)). לילדים מעל לגיל הסף יינתנו היתרי שהייה מתחדשים בלבד. 

נייר עמדה של המוקד להגנת הפרט בנושא ההצעה לתיקון החוק

בעקבות פסק הדין בעתירות נגד החוק מאשרת הכנסת תיקון נוסף, לכאורה כדי ליישם את הערות בית המשפט ולצמצם את פגיעתו של החוק. בפועל, לא רק שהערותיהם של השופטים לא מיושמות, אלא שהתיקון מרחיב, מעמיק ומקבע את ההסדר שנפסל עקרונית בידי מרבית השופטים:

• החוק מוחל גם על בני זוג ובני משפחה שמוצאם באיראן, בלבנון, בסוריה ובעיראק, או ב"איזורי סיכון" אחרים, שהממשלה רשאית להוסיף ולקבוע בצו (סעיפים 2, 3ה וכן התוספת לחוק).

• נוספת הוראה על פיה רשאי שר הפנים להחליט שתושב השטחים מהווה סכנה ביטחונית רק על סמך הקביעה כי באיזור מגוריו מתבצעת פעילות העלולה לסכן את ביטחון ישראל או את אזרחיה (סעיף 3ד). מלשון הסעיף משתמע, כי גם פעילות עוינת בשטחי הגדה בכלל עלולה להביא לקטיעת הליך לאיחוד משפחות או לדחיית בקשה לרישום ילדים.

• נוסף סעיף המאשר לשר הפנים להעניק לתושב השטחים או לנתין מדינה המוגדרת כמדינת אויב היתר שהייה או מעמד ארעי בישראל מטעמים הומניטאריים מיוחדים, על פי המלצת ועדה של אנשי מקצוע שימונו לעניין זה (סעיף 3א1). סעיף זה נועד לכאורה לתקן את הפגמים הרבים בחוק, שעליהם עמדו שופטי בג"ץ, אך "החריג ההומניטארי" שנוסף מצומצם מכל כיוון עד שהוא מאבד כל תוכן ממשי. כך, למשל, לא ניתן לקבל מעמד של תושבות קבע בהליך זה, ו"החריג ההומניטארי" ישים רק במקרים שבהם לתושב השטחים שעבורו הוגשה הבקשה יש בן משפחה מדרגת קרבה ראשונה – בן זוג, הורה או ילד – השוהה כדין בישראל.

נייר עמדה של המוקד להגנת הפרט בנושא ההצעה לתיקון החוק

בית המשפט המחוזי פוסק, כי המועד הקובע לקבלת מעמד קבע הוא יום הגשת הבקשה לרישום הילד, ולפיכך, אם הבקשה הוגשה לפני שהילד הגיע לגיל 14, יש להעניק לו מעמד קבע לאחר שיחזיק במעמד ארעי במשך שנתיים, גם אם במועד זה הוא עבר את גיל 14.

ראו למשל, פסק הדין בעת"ם 8295/08; פסק הדין בעת"ם 8336/08

במשך חודשים רבים מתעלם משרד הפנים מפסקי דין אלה: הוא לא מערער עליהם אך גם לא מיישם את הוראותיהם וממשיך להנהיג את הנוהל הפסול ולשלול מעמד קבע מילדים הזכאים לו. ביוני 2009, בפסק דין שניתן בעתירה שהגיש המוקד להגנת הפרט בעניין סרור, פוסל בית המשפט שוב את הנוהל, אלא שהפעם המדינה מערערת על פסק הדין לבית המשפט העליון וטוענת, בין השאר, כי החוק אינו מחייב להעניק מעמד קבע לילדים שאחד מהוריהם תושב, וכי די במעמד ארעי כדי למנוע את הפרדתם מהוריהם.

בית המשפט העליון דוחה את ערעורי משרד הפנים על פסקי דין שניתנו בבית המשפט המחוזי וקובע כי במקרים שבהם שוקלת המדינה לסרב – על רקע ביטחוני – לבקשות שהגישו תושבי ירושלים המזרחית לאיחוד משפחות עם בני זוגם הזרים, על משרד הפנים לאפשר לבני הזוג לטעון בפניו בטרם קבלת ההחלטה בעניינם. בית המשפט לא קובע דברים נחרצים בנוגע לאופן השימוע אך מציין שהשכל הישר מעדיף שהליך זה יתבסס על טיעונים מסודרים בכתב, שלאחריהם יתקיים שימוע בעל פה. עוד פוסק בית המשפט, כי רק במקרים חריגים ביותר, כאשר משרד הפנים מנמק באופן משכנע מדוע נשקפת מן המבקשים סכנה ממשית ומיידית, ניתן להפוך את הסדר ולערוך למבקשים שימוע בדיעבד, לאחר מתן ההחלטה בעניינם, ואף לדרוש כי בן הזוג הזר יֵצא את גבולות המדינה בעת ההמתנה להחלטה סופית בבקשתו.

באפריל 2010 מפרסם משרד הפנים גרסה מעודכנת של "נוהל הערות גורמים", אולם בניגוד להערות בית המשפט, לא כולל בה סעיף המחייב עריכת שימוע בעל פה אלא מסתפק בשימוע בכתב. רק באוקטובר 2013, לאחר פניות חוזרות ונשנות של המוקד להגנת הפרט, מודיע משרד הפנים כי הוא נכון לקיים שימוע בעל פה למי שכבר נמצא בהליך המדורג אך בשל מידע שהתקבל מגורמי הביטחון הוחלט לסרב לבקשתו לאיחוד משפחות. מי שנתקל בסירוב לבקשתו הראשונה לאיחוד משפחות, יסתפק בהליך שימוע בכתב.

העתירה מוגשת בשם צעיר ירושלמי שנפגע בבירור ממדיניות משרד הפנים המציבה אותו – וכמוהו את יתר התושבים הפלסטינים בירושלים המזרחית – בין הפטיש לסדן: זכותו לעזוב את ביתו לתקופה מוגבלת לצורך מימוש עצמי, הקמת משפחה, רכישת השכלה, השגת פרנסה או השתתפות בחיי החברה המודרניים עומדת כנגד זכותו לבית ולמולדת.

הארגונים מבקשים מבית המשפט להכריע, כי ככל שמדובר בתושבי ירושלים המזרחית – שטח שנכבש וסופח לישראל ומעמדם של תושביו כתושבי קבע בישראל נכפה עליהם – מן הראוי לקבוע כי תושבוּתם אינה ניתנת להפקעה בעקבות שהייה ממושכת בחו"ל או רכישת מעמד במדינה אחרת, וכי זכותם לשוב למולדתם תישמר להם לצמיתות ויש לראות בה מעין תנאי מובנה בתוך מעמד הקבע שלהם. יתרה מזאת, גם אם מעמדם של תושבי ירושלים המזרחית נגזר מחוק הכניסה לישראל, כפי שנקבע בבג"ץ עווד, אין הוא כמעמדו של כל תושב אחר, ודאי וודאי שאינו כשל מהגרים שנכנסו לישראל.

במרץ 2012 נאלצים הארגונים למחוק את העתירה לאחר ששופטי בית המשפט העליון מחליטים לא לדון בה לגופה מאחר שלעמדתם, "אין שום סיבה שבית המשפט ייתן סעד תיאורטי כדי שאדם ידע מראש לכלכל את מעשיו".

בית המשפט העליון דוחה בדעת רוב את ערעור המוקד להגנת הפרט על פסק דינו של בית המשפט המחוזי, ומותיר את שני ילדיו של תושב ואדי חומוס – שכונה המצויה בחלק מהכפר צור באהר שלא סופח לישראל – חסרי מעמד בעולם. זאת, חרף העובדה שהשכונה מצויה בצדה המערבי – ה"ישראלי" – של חומת ההפרדה, ועל אף שבית הדין לעבודה פסק שצור באהר הוא "כפר הומוגני אחד", שכל תושביו, לרבות אלה המתגוררים בוואדי חומוס, מוכרים כתושבי ישראל לצורך זכויותיהם הסוציאליות.

בפסק הדין מתעלמים השופטים אדמונד לוי ואשר גרוניס מהמציאות המורכבת שכפתה ישראל על התושבים בוואדי חומוס ומפרשים את תכלית תקנה 12 לתקנות הכניסה לישראל בצורה מצמצמת, דהיינו, מי שביתו אינו בישראל לא יקבל מעמד בישראל. נשיאת בית המשפט העליון, דורית בייניש, מקבלת – בעמדת מיעוט – את טענות המוקד וקובעת כי חומת ההפרדה שבנתה ישראל מנתקת את ואדי חומוס מהגדה המערבית ויוצרת מצב שבו "מרכז חיי המערערים הינו הלכה למעשה בישראל". לדבריה, "ברור כי מציאות בה בתוך תא משפחתי אחד קיים פיצול בין מעמד ההורה למעמד ילדיו עלולה לפגוע ביציבות ובאיזון ההכרחיים כל כך ליצירתו של תא משפחתי תקין, ובהתאמה להתפתחותו התקינה של הקטין [...] מצב זה, בו הילדים חסרי מעמד הן באיזור והן בישראל, אינו תקין".

בדצמבר 2011 עותר המוקד לבית המשפט העליון בבקשה לקבוע דיון נוסף בערעור, בהרכב מורחב. בהחלטה בעתירה מציין המשנה לנשיאה, אליעזר ריבלין, כי "אכן, מן העתירה עולה תמונה של מציאות לא פשוטה, שבה מרכז חייה של משפחת העותרים כולם היא [כך במקור] בתוככי ישראל, בעוד שביתם נמצא מחוצה לה, וכל זאת על רקע קושי לבסס מרכז חיים מחוץ לישראל נוכח קיומה של גדר ההפרדה", ועם זאת קובע כי לא מצא מקום לקבל את הבקשה.