מאז תחילת שנות התשעים מטפל המוקד להגנת הפרט בהשבת גופות פלסטינים, המוחזקות בידי ישראל, למשפחותיהם, כדי להביאן לקבורה הולמת, על פי המסורת והדת. פעילותו האינטנסיבית והעיקשת של המוקד הביאה במרוצת השנים לשינוי במדיניות הישראלית בתחום זה, בין השאר בחיבור
מסמך צבאי באשר לדרך הזיהוי והקבורה של "חללי אויב". פריצת דרך משמעותית הושגה בשנת 2012, עת החזירה ישראל, בצעד שהוגדר כמחווה לרשות הפלסטינית, 91 גופות בהן החזיקה. משפחותיהם של תשעה מן החללים יוצגו על ידי המוקד; אחת מהן נכללה בעתירה שהוגשה לבג"ץ עוד בשנת 2005(!). בשנת 2014, בעקבות סדרת עתירות שהגיש המוקד לבג"ץ, החזירה ישראל 29 גופות נוספות. עם זאת, מחזיקה עדיין ישראל בגופות רבות של פלסטינים.
בחודשים מאי-יוני 2015 הגיש המוקד סדרה של שבע עתירות נוספות לבג"ץ, בדרישה כי ישראל תחזיר לידי המשפחות את גופות בניהן, המוחזקות על ידה ובשטחה מאז ימי האינתיפאדה השנייה. ביום 17.9.2015 התברר, כי גם הפעם נשא המאבק המשפטי פרי: על פי
דיווח של סוכנות הידיעות הפלסטינית "מען", ישראל התחייבה בפני גורמים ברשות הפלסטינית להחזיר 119 גופות בהן היא מחזיקה. העברת הגופות למשפחות תתבצע בכפוף לזיהוי מדעי ותושלם עד לסוף שנת 2015, כך לפי הדיווח.
המוקד טרם קיבל הודעה רשמית בעניין מטעם המדינה.
