בג"ץ מחק את עתירת המוקד, להורות לשירות בתי הסוהר ליישם את הדין, המחייב אותו להעביר לכל אסיר את מלוא החומר הרפואי בעניינו: בכך גזר בג"ץ על כל אסיר, שתיקו הרפואי לא מנוהל כראוי על ידי השב"ס, לפנות לבית המשפט כדי לקבל מידע רפואי בעניינו-שלו

ביום 16.6.2010 עתר המוקד לבג"ץ, להורות לשירות בתי הסוהר (שב"ס) לפעול לפי החוק והנהלים, המורים לו להעביר לכל אסיר, או אסיר לשעבר, שהיה נתון במשמורתו, את מלוא החומר הרפואי בעניינו. העתירה הוגשה מאחר שהשב"ס לא העביר לידי המוקד את מלוא החומר הרפואי בעניינם של אסירים ואסירים לשעבר המיוצגים על-ידו, שהתלוננו על יחס משפיל ותנאים מחפירים עת הוחזקו במתקן המעצר בפתח תקווה – המצוי באחריות השב"ס. בעתירה הדגיש המוקד, כי חוק זכויות החולה מעגן את זכותו של כל אדם לקבל את המידע הרפואי הנוגע לו. המוקד הוסיף, כי מתוקף היותו הגוף האחראי על הטיפול הרפואי באסירים בעודם כלואים, על השב"ס לנהל ולתעד את כלל החומר הרפואי של האסירים, מתחילת תקופת ההחזקה במשמורת ועד לסיומה.

בעקבות העתירה התגלתה תמונה מדאיגה, שכן הרשומות הרפואיות המצויות בידי השב"ס התגלו כחלקיות ביותר: באפריל 2011, כאשר הפרקליטות הגיבה לעתירה, קיבל המוקד חומר רפואי מלא רק לגבי 4 אסירים, מתוך ה-11 שביקש. בשניים מהתיקים הרפואיים, ראוי לציין, הושלמו המסמכים כתוצאה מפניית הפרקליטות לצבא, וזאת רק משום הגשת העתירה. אף על פי כן מצאה הפרקליטות לנכון לטעון, כי "כל החומר הרפואי שאותר נמסר כבר, ולכן העתירה, בראשה הפרטני, התייתרה". על אף החוסרים המשמעותיים בתיקים הרפואיים ולמרות שנהלי השב"ס קובעים, כי בעת קליטת אסיר בבית סוהר יועבר תיקו הרפואי לשב"ס, טענה הפרקליטות כי השב"ס אינו אחראי על השלמת תיקיהם הרפואיים של האסירים המועברים לחזקתו מרשויות אחרות.


בניגוד לפרשנות המצמצמת של הפרקליטות באשר לחובות השב"ס, הדגיש המוקד כי לשב"ס חובה אקטיבית בניהול החומר הרפואי, המחייבת אותו להשלים מידע רפואי חסר, אף אם זה לא נמסר לו עם קבלת האסיר לחזקתו.


ביום 20.6.2012, במהלך הדיון בעתירה, טען המוקד כי חוסר ההקפדה של השב"ס על שלימות החומר הרפואי בתיקי האסירים מהווה בעיה עקרונית, אולם בית המשפט הסתפק בהצהרת הפרקליטות, כי "בדרך כלל" אסיר או עציר שמתקבל בשב"ס מגיע עם תיקו הרפואי. המוקד נענה להמלצת השופטים למחוק את העתירה, תוך שמירה על הזכות להגיש עתירות פרטניות בעניינם של אסירים.


בקשת המוקד להורות לשב"ס למסור לאסירים שהיו בחזקתו תיקים רפואיים מלאים מצאה אך הד קלוש בפסק הדין, בו נקבע כי "אם [אסיר מגיע לשב"ס ללא תיק רפואי], פונה שירות בתי הסוהר לרשות האחרת על מנת לברר מדוע לא הגיע התיק הרפואי". למעשה, כופה בית המשפט על אסירים, שתיקם הרפואי לא מנוהל כראוי על ידי השב"ס, להגיע לפתחו על מנת לקבל את המידע הרפואי השייך להם. במקרה הרע, יהיה גורלם כזה של שלושה מהאסירים שיוצגו על ידי המוקד, אשר עד עצם היום הזה לא קיבלו את המידע הרפואי המלא בתיקיהם הרפואיים.