מדינת ישראל הקימה את חומת ההפרדה ממזרח לשכונת ואדי חומוס וניתקה אותה באופן זה מהגדה המערבית, ולמעשה הכירה בכך שהשכונה מהווה חלק אינטגרלי מהכפר צור באהר, המצוי בתחום המוניציפלי של ירושלים. למרות זאת, נתלית ישראל בפסיקת בג"ץ ובעובדה ששכונת ואדי חומוס הוקמה מחוץ לתחום המוניציפלי של ירושלים ומתעקשת להקשות על חייהם של מי שמתגורר בה, או אפילו רק מחזיק בדירה בתחומה, ושאלת מעמדו במשרד הפנים תלויה בהוכחת מרכז חיים בישראל. לעיתים קרובות משתמשת ישראל בחקירות אגרסיביות וגסות בניסיון למצוא הוכחות "מרשיעות", שתוכלנה לתמוך בטענה שבני משפחה, שצריכים להוכיח שמרכז חייהם הוא בישראל, מתגוררים בפועל בוואדי חומוס ולכן ניתן לשלול את מעמדם ואת זכויותיהם.
תושב ירושלים המזרחית נאבק כבר שנים כדי שאשתו, אזרחית ירדן, תוכל לחיות עימו בירושלים. בשנת 2001 נדחתה לראשונה בקשת הבעל לאיחוד משפחות עם אשתו, משום שחקירות המוסד לביטוח לאומי העלו, כי אינם מקיימים מרכז חיים בישראל. לאחר שנבנתה חומת ההפרדה, ממזרח לוואדי חומוס, ולאחר שהמוסד לביטוח לאומי הכיר בתושבי השכונה כתושבי ישראל לצרכי חוק הביטוח הלאומי, הגיש הבעל בקשה נוספת לאחמ"ש, ובה נטען כי ואדי חומוס, בה התגוררו השניים עם משפחתם המתרחבת, נחשבת לחלק מישראל. גם בקשה זו נדחתה על ידי משרד הפנים.
ביום 3.7.2008
עתר המוקד להגנת הפרט לבית המשפט, בדרישה להכיר בכך שוואדי חומוס היא חלק מישראל ולאשר את הבקשה לאיחוד משפחות. בית המשפט קיבל את עמדת המוקד,
פסק, לראשונה, כי שכונת ואדי חומוס מהווה חלק אינטגרלי מצור באהר והורה לתת לאשתו של המבקש מעמד ארעי בישראל. המדינה ערערה על פסק הדין בפני בית המשפט העליון, אולם בינתיים הודיעו בני הזוג כי עברו לגור בכפר צור באהר עצמו, שנמצא בשטח ישראל. המדינה הסכימה שהבעל יגיש בקשה נוספת לאחמ"ש ולכן התייתר ההליך המשפטי. בשנת 2010 אושרה הבקשה לאיחוד משפחות והאשה קיבלה אשרת שהייה בישראל מסוג ב/1, שחודשה מעת לעת. במקביל, פסיקה נוספת של בית המשפט העליון משנת 2011, בעניין רישום ילדים בירושלים המזרחית,
קבעה, כי מכיוון שוואדי חומוס נמצאת מחוץ לשטח המוניציפלי של ירושלים, הרי שגם אם מתקיים מרכז חיים בישראל, לא ניתן לרשום ילדים שגרים בשכונה כתושבי ישראל.
ביוני 2013 ביקשה האשה, בהתאם למסגרת הזמנים הקבועה בהליך המדורג לאיחוד משפחות, לשדרג את רישיון השהייה שלה למעמד ארעי בישראל. ואולם, מבדיקות וחקירות שערך, הסיק משרד הפנים כי המשפחה מנהלת מרכז חיים בוואדי חומוס ולא בצור באהר. ביולי 2013 דחה משרד הפנים את הבקשה ועצר את ההליך לאיחוד משפחות.
ביום 19.11.2014 הגיש המוקד השגה לוועדת ההשגה לזרים כנגד החלטת משרד הפנים. המוקד טען, כי בני המשפחה מעולם לא הסתירו את הנכס שבבעלותם בוואדי חומוס, אך על משרד הפנים היה לערוך ביקור גם בבית המשפחה בצור באהר לפני שנחפז להסיק מסקנות לגבי המקום בו מקיימת המשפחה מרכז חיים. המוקד ביקש מוועדת ההשגה להורות למשרד הפנים לבטל את החלטתו שלא לאשר את בקשת הבעל לאחמ"ש. ביום 9.9.2014
דחתה ועדת ההשגה את השגת המוקד. הוועדה קיבלה את עמדת משרד הפנים וקבעה, כי טענות המשפחה לקיום מרכז חיים בירושלים כוזבות. הוועדה קיבלה כראיות מהימנות לאי קיומו של מרכז חיים בצור באהר את טענות נציגי משרד הפנים, שביקרו בבית בוואדי חומוס ודיווחו כי מצאו בו "בננות טריות" ו"מברשת שיניים לחה".
ביום 22.10.2014
עתר המוקד לבית המשפט כנגד החלטת ועדת ההשגה לזרים, ודרש להורות למשרד הפנים לחזור בו מהחלטתו לסרב לבקשת הבעל. המוקד טען, כי מדובר בהחלטה לא מידתית ובלתי סבירה, המתבססת על ממצאים מוּטים ושגויים ופוגעת באופן קשה בזכות לחיי משפחה. המוקד חזר על הטענה שהועלתה עוד קודם לכן בהשגה, לפיה על משרד הפנים היה, לכל הפחות, לבדוק ביסודיות את טענות המשפחה ולברר האם היא אכן מקיימת מרכז חיים בצור באהר, כפי שהיא טוענת.
בתשובתה לעתירה, חזרה המדינה שוב על טענתה, לפיה גרסת המשפחה על קיום מרכז חיים בצור באהר, במקביל להחזקת הדירה בוואדי חומוס, כוזבת. המדינה חזרה והעלתה את אותן "ראיות" שנמצאו בביקור נציגי משרד הפנים בדירה בוואדי חומוס והדגישה, כי החלטת משרד הפנים היתה סבירה ומידתית.
ביום 25.12.2014
קיבל בית המשפט את עתירת המוקד. מבחינה עקרונית ציין בית המשפט, כי קיימת מידת מה של מלאכותיות בהפרדה בין צור באהר לוואדי חומוס. למרות זאת, למשרד הפנים הסמכות לקבוע שוואדי חומוס הוא מרכז החיים "העיקרי" של המשפחה, אלא שעל קביעה כזו להסתמך על ראיות מוצקות, וכאלה לא היו בנמצא במקרה הנוכחי. בית המשפט מתח ביקורת על חלק מהראיות עליהן הסתמך משרד הפנים, כמו למשל אותן "בננות טריות" ו"מברשות שיניים רטובות", אשר כלל לא הופיעו במסמך שסיכם את ביקור נציגי המשרד בוואדי חומוס. בית המשפט ביטל את החלטת משרד הפנים והורה לו לבחון פעם נוספת את בקשת העותרים על בסיס האמור בפסק הדין ולתת החלטה חדשה בעניין בתוך 30 יום.
