פלסטינים המחזיקים בהיתרי שהייה בישראל מכח הליך לאיחוד משפחות ומתגוררים בירושלים בשכונות הנמצאות מצידה המזרחי של חומת ההפרדה, אינם מורשים לעבור דרך מחסום שועפאט. במקום זאת עליהם לנסוע בדרכים עוקפות, המאריכות באופן ניכר את זמן הגעתם למקום עבודתם, לבתי הספר של ילדיהם, למוסדות רפואיים ולמעשה, לכל מקום הנמצא מן העבר האחר של החומה.
ביום 5.8.2012
פנה המוקד להגנת הפרט אל הצבא בבקשה להתיר את מעברם של פלסטינים בקטגוריה זו דרך מחסום שועפאט, והדגיש את הסרבול והטרחה הכרוכים במעבר דרך המחסומים החלופיים למי שמתגורר בסמוך למחסום שועפאט. ב
תגובה, טען הצבא כי אין שום סיבה לפתח את המחסום למעבר כל מי שמחזיק בהיתר שהייה בישראל. הצבא טען כי מלכתחילה לא נועד המחסום למעבר תושבים הרשומים במרשם האוכלוסין הפלסטיני, שכן הוא אינו מותאם לבדיקות הביטחוניות הנדרשות לשימוש כזה. בנוסף, טען הצבא שאין באפשרותם של הבודקים במחסום לבדוק את אמיתות הטענות של המבקשים לעבור בו, בכל הנוגע למקום מגוריהם. הצבא הסביר, כי למעט תושבי ענאתא, אשר לפנים משורת הדין קיבלו אישור לעבור דרך המחסום בשל קרבתם אליו, על שאר התושבים המחזיקים בהיתר שהייה בישראל לעבור דרך ה"מעברים" המיועדים לכך, הנמצאים במרחק של כ-25 דקות מהמחסום.
המוקד פנה שנית אל הצבא וטען, כי על הצבא להבחין בין מי שהיתר השהייה בישראל ניתן לו במסגרת הליך לאיחוד משפחות, לבין כלל בעלי ההיתרים. המוקד טען, כי מי שנמצא בהליך לאיחוד משפחות כבר עבר בדיקות ביטחוניות מקיפות. מדובר בבדיקה מתמשכת, הנערכת מחדש מדי שנה בשנה, עם כל חידוש של היתר השהייה ולמעשה, מי שעבר את הבדיקה וזכה בהיתר שהייה רשאי, מבחינת ישראל, לנוע בחופשיות ברחבי ישראל. עוד טען המוקד, כי אין לפגוע בחופש התנועה של הפלסטינים באופן כה קשה רק בשל טעמים טכניים ולוגיסטיים. המוקד הדגיש, כי בשונה ממה שטען הצבא, יש לכוחות הביטחון נגישות למידע מפורט בנוגע למקום מגוריו של כל מי שמחזיק בהיתר שהייה בישראל מכח הליך לאיחוד משפחות. עוד נטען בפנייה, כי ההחלטה לאשר דווקא את מעברם של תושבי ענאתא תמוהה, שכן מדובר בשכונה מרוחקת יותר, שחלק מתושביה כלל אינם תושבי ירושלים. לבסוף, מתח המוקד ביקורת על החישוב שהציג הצבא, לפיו המעבר במחסום חלופי מאריך את הדרך בכ-25 דקות בלבד. המוקד הסביר כי חישובי הצבא מוטעים וכי בפועל הדרך מתארכת ביותר משעה.
ביום 6.10.2013 הודיע הצבא למוקד כי נציגיו ביצעו "מיפוי משותף עם ועד המחנה (שועפאט) של כל המשפחות החצויות המתגוררות בשטח המוניציפאלי של ירושלים מעברה השני של הגדר... במטרה לאפשר את מעברם התקין של התושבים בנקודת המעבר שועפאט". המוקד טען בתגובה, כי הליך המיפוי ושיתוף הפעולה עם ועד המחנה הוא צעד מסורבל ומיותר, שכן כל המידע המפורט לגבי מקום מגוריהם של הפלסטינים כבר מצוי בידי משרד הפנים, שמתנה את המשך קבלתם של היתרי השהייה בישראל בהמצאת הוכחות מוצקות לקיומו של מרכז חיים בישראל.
ביום 20.3.2014, לאחר שפניית המוקד נותרה ללא מענה ראוי במשך כמעט שנה וחצי(!),
עתר המוקד לבג"ץ, בדרישה להורות לצבא להתיר את כניסתם לישראל דרך מעבר שועפאט של פלסטינים המחזיקים בהיתר שהייה בישראל מכח הליך לאיחוד משפחות ומתגוררים בירושלים בצידה המזרחי של חומת ההפרדה. המוקד חזר על הטענות שפירט במכתביו אל הצבא וטען, שמדובר בהחלטה בלתי מידתית ובלתי סבירה, הפוגעת באופן קשה בזכויותיהם של הפלסטינים. המוקד הדגיש כי הפתרון אותו הציע הצבא – "מיפוי" תושבי האיזור והתרת המעבר במחסום על פי רשימות שינהל ועד מחנה הפליטים שועפאט – הינו הסדר מיותר, מסורבל ובלתי ראוי.
