ביוני 2008 קיבלה הממשלה את החלטה 3598, המנחה את שר הפנים שלא לאשר בקשות לאיחוד משפחות (אחמ"ש) בישראל למי שמתגורר ברצועת עזה, וכן למי שרשום במרשם האוכלוסין כתושב הרצועה, אף שאינו מתגורר בה. החלטת הממשלה מתבססת על הוראות סעיף 3ד לחוק האזרחות והכניסה לישראל (הוראת שעה), התשס"ג-2003, לפיהן לשר הפנים הסמכות לדחות בקשה של תושב השטחים לאיחוד משפחות בישראל בגין סיכון ביטחוני המתעורר לגביו,או שעלול לנבוע ממנו ישירות, מקרובי משפחתו או מעצם מגוריו באיזור בו מתבצעת פעילות מסוכנת.
בעוד שסעיף 3ד להוראת השעה מפרט את המקרים בהם רשאי שר הפנים לקבוע את מסוכנותו של אדם ספציפי, החלטת הממשלה מרחיקה לכת הרבה יותר וקובעת מדיניות גורפת לגבי תושבי רצועת עזה, בהנחותה את שר הפנים לסרב לכלל בקשותיהם לאחמ"ש, רק בשל מגוריהם באיזור "בו מתבצעת פעילות העלולה לסכן את ביטחון מדינת ישראל ואזרחיה". זאת ועוד. החלטת הממשלה מרחיבה את הטענה בדבר סיכון ביטחוני הנובע מעצם מקום המגורים, ומחילה אותה גם על אנשים שרשומים כתושבי הרצועה, ללא קשר למקום מגוריהם בפועל.
בעת שהתקבלה החלטת הממשלה, התנהלו בבית המשפט ארבע עתירות נגד הוראת השעה, ביניהן עתירת המוקד להגנת הפרט. בתחילת 2012 דחה בג"ץ את העתירות בקובעו, כי התיקון שהוכנס לחוק בשנת 2005 ומאפשר איחוד משפחות של ישראלים עם תושבי השטחים בתנאים מסוימים (ובעיקרם, גיל מינימום לכניסה להליך אחמ"ש), מצמצם את הפגיעה בזכויות חוקתיות, בהן הזכות לשוויון ולחיי משפחה, והופך אותה למידתית.
לאחר קבלת פסק הדין בעתירה נגד הוראת השעה, פנה המוקד לראש הממשלה ודרש לבטל לאלתר את החלטה 3598, בטענה שהמדיניות הגורפת שהיא קובעת לגבי תושבי רצועת עזה אינה חוקתית ואינה עומדת בתנאי המידתיות, לאורם הכשיר בג"ץ את החוק. משלא התקבלה כל התייחסות מהותית לטענות שהועלו בפנייה, עתר המוקד ביום 6.6.2013 לבג"ץ.
המוקד טען בעתירה, כי החלטת הממשלה חורגת באופן קיצוני מלשון החוק: היא מרחיבה את הסיכון הגיאוגרפי ל"סיכון מרשמי" וקובעת כלל גורף, הכובל את שיקול דעתו של שר הפנים, מקום בו נקבע כי יש לערוך מבחנים פרטניים. בכך נוקטת הממשלה פעולה חקיקתית מובהקת, הפוגעת פגיעה חמורה בעקרון הפרדת הרשויות.
עוד טען המוקד, כי החלטת הממשלה, שסותמת לחלוטין את הגולל על איחוד משפחות עם תושבי רצועת עזה, פוגעת באופן בלתי סביר ובלתי מידתי בזכויות יסוד, ובראשן הזכות לחיי משפחה. יתרה מזאת, בהיותה זכות חוקתית הנגזרת מחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, ניתן לפגוע בזכות לחיי משפחה רק משיקולים כבדי משקל, ורק בחוק או מכוח הסמכה מפורשת בחוק. כיוון שהממשלה לא הוסמכה להחליט על פגיעה בזכויות יסוד חוקתיות, דין החלטתה להתבטל.
