בשנים 2009-2008 ערכו המוקד להגנת הפרט וארגון בצלם מעקב אחר תנאי האחזקה במתקן המעצר בפתח תקווה, בו נמצא גם מתקן חקירות של השב"כ. לידי הארגונים הגיעו תלונות רבות של פלסטינים שחשפו שגרת חקירות, שכללה אמצעים האסורים באופן מוחלט על פי המשפט הישראלי והבינלאומי ואשר מהווים יחס אכזרי, בלתי-אנושי ומשפיל, העולה לעיתים כדי עינויים. התלונות התייחסו לתנאים בהם היו העצורים נתונים החל מהמעצר עצמו, שבוצע על ידי חיילים, במהלך הזמן בו הוחזקו במעצר במתקן בפתח תקווה ובמיוחד בפרק הזמן בו נחקרו על ידי השב"כ. המחקר אודות מתקן המעצר פורסם בנובמבר 2010 בדו"ח המשותף
"שיטות חשוכות".
לאחר פרסום הדו"ח המשיך המוקד לטפל בנושא – התלונות בנושא התנהלות חוקרי השב"כ נשלחו לממונה על המבת"ן (מבקר תלונות נחקרים) במשרד המשפטים והתלונות הנוגעות לאלימות חיילים נשלחו לפרקליטות הצבאית. בהיעדר תשובות של ממש, עתר המוקד ביום 31.10.2011 לבג"ץ.
העתירה הראשונה עוסקת בסירוב הממונה על המבת"ן להעביר לידי המוקד את הנתונים עליהם התבססה החלטתו לסגור את תיקי החקירה בכל 12 המקרים שהועברו לטיפולו. התיקים עוסקים בתלונות של פלסטינים על אלימות, השפלה והתעללות מצד חוקרי שב"כ במהלך החזקתם במתקן החקירות בפתח תקווה. בכל המקרים
נדרשה עתירה לבג"ץ על מנת לקבל את תשובת הממונה על המבת"ן, כי התלונות נמצאו לא מבוססות והתיקים נסגרו. המוקד ביקש לקבל לידיו את החומר עליו התבססה ההחלטה לסגור את התיקים אך לא זכה למענה. המוקד מדגיש, כי זכות העיון בחומרים הללו עומדת כחלק מהזכות להליך הוגן.
עתירה נוספת עוסקת בשיהוי הבלתי נסבל של מערכת התביעה הצבאית – מצ"ח והפרקליטות הצבאית – בטיפולה בדרישת המוקד לפתוח בחקירות בעניין תלונות על התעללות קשה של חיילים בפלסטינים, בעת מעצרם של האחרונים והעברתם לחקירה. הפניות הועברו ליעדן כשנתיים קודם לכן אך מהמערכת הצבאית התקבלה תשובה לקונית אחת: "התיק נמצא בהליכי חקירה". בעתירה מתייחס המוקד להפרת החובה של הפרקליטות הצבאית, לפתוח בחקירה ולפעול ללא שיהוי, והפגיעה הקשה בזכויות הנפגעים מאי קיום הליך חקירה הוגן בעניינם. עוד מציין המוקד, כי העיכוב הבלתי סביר מביא לכך שהחיילים המעורבים כבר אינם בשירות פעיל והזמן הארוך שעבר מאז האירוע מקשה על חקר האמת. לסיכום טוען המוקד כי "מצב העניינים כפי שהוא היום מוביל למצב של לית דין ולית דיין בקרב חיילי הצבא, מאחר שאי-אכיפה פירושה, בעצם, ביטול מוראו של הדין".
העתירה השלישית עוסקת בתנאי הכליאה המחפירים בהם מוחזקים העצורים במתקן המעצר בפתח תקווה, תנאי מעצר שאינם עומדים בתקן המינימאלי הבינלאומי הנהוג ואף לא בתקן הישראלי. העתירה מבוססת על תצהירים של עצורים, שהוחזקו במתקן בפתח תקווה משכי זמן שונים, בתקופות זמן שונות, ומציירת תמונה קשה: תאי צינוק קטנים עם קירות בטון חשופים, אור דולק במשך כל שעות היממה, אוויר קר שזורם לתאים, מחסור בשמיכות, תנאים סניטאריים קשים ומזון ברמה ירודה ביותר. לסיכום דורש המוקד לשפר את תנאי הכליאה בפתח תקווה, כך שישררו בו תנאים ההולמים בני אדם והעומדים בסטנדרטים מינימאליים, הקבועים בדין הישראלי ובדין הבינלאומי.
