המוקד להגנת הפרט עותר פעמים רבות לבג"ץ בשמם של תושבי השטחים הכבושים שהצבא שולל את זכותם לחופש תנועה. במרבית המקרים אין המדינה מציגה ראיות המבססות את החלטותיה, וטוענת בבית המשפט כי מניעת חופש התנועה מבוססת על "מידע המצוי בידי גורמי הביטחון". המדינה מגדירה מידע זה "חסוי", ומסכימה להציגו בפני בית המשפט במעמד צד אחד בלבד
ובדלתיים סגורות. בכל אותם מקרים אין המדינה נוהגת להציג תעודות חיסיון.
נוהג זה, על פיו פועלת המדינה בשנים האחרונות, אפשרי אך ורק אם העותרים מסכימים לכך. הדין בישראל קובע כי בעל דין זכאי לעיין בכל המסמכים עליהם מבקש הצד השני להסתמך בפני בית המשפט, אלא אם הם חסויים כדין. ראיה הופכת לחסויה רק לאחר הוצאת תעודת חיסיון חתומה על ידי השר המתאים.
במאי 2010
פנה המוקד לפרקליטות המדינה בעניינן של ארבע עתירות שהגיש, בהן טענה המדינה כי חומר הראיות הינו "חסוי", וזאת ללא הסכמת העותרים ובהיעדר תעודת חיסיון. המוקד דרש לקבל לידיו את המסמכים הרלוונטיים או לחלופין, את תעודות החיסיון. רק כעבור חמישה חודשים השיבה הפרקליטות לגופו של עניין, וטענה כי הנוהג הקיים ראוי "במסגרת סבירות ההחלטה המינהלית", תוך שהיא מתעלמת מהטענות המשפטיות שהעלה המוקד.
בדיון שנערך בבג"ץ ב
אחת העתירות צידדו השופטים בעמדת המוקד, והבהירו למדינה כי אם לא תוציא תעודת חיסיון, לא תוכל להסתמך על החומר שטענה כי הוא "חסוי" בלא לאפשר למוקד לעיין בו. המדינה הגישה
תגובה נוספת, בה חזרה על טיעוניה והוסיפה, כי הוצאת תעודות חיסיון מטילה "נטל רב" על ראש הממשלה ושר הביטחון.
המוקד חזר והדגיש את חשיבות תעודת החיסיון, הנובעת מזכותם של עותרים להליך תקין, ומקנה להם הגנות – מבטיחה כי עניינם נבדק בידי גורם מינהלי מוסמך ורם דרג ולא בידי פקיד זוטר; ומאפשרת להם להגיש עתירה לגילוי ראיה, אם רצונם בכך.
בעקבות דיון נוסף בבית המשפט העליון – במהלכו עמדה המדינה בסירובה להציג תעודת חיסיון או לאפשר לעותרים לעיין בחומר המדובר – קיבל בג"ץ את עמדת המוקד והוציא
צו על תנאי, הקובע כי על המדינה להסביר את הסיבות בשלהן מונע הצבא את יציאת העותר לחו"ל, ולהציג את הראיות עליהן היא נשענת.
צו על תנאי דומה הוצא בעתירה נוספת. בכך, הבהיר בית המשפט העליון למדינה כי כאשר היא מבקשת לא לחשוף ראיות עליהן היא מסתמכת "מטעמי ביטחון", עליה להוציא תעודת חיסיון כדין. 
