בחודשים יוני ויולי 2009 שלח המוקד להגנת הפרט 17
תלונות של אסירים ואסירים-לשעבר – ליועץ המשפטי לממשלה, לממונה בפרקליטות המדינה על ה"מבת"ן" (איש שב"כ, המופקד על בדיקת תלונות של נחקרי שב"כ) ולקצין חקירות מצ"ח – בעניין יחס חוקרי השב"כ אליהם במהלך חקירתם. מהתלונות עולה כי במהלך ההחזקה בהם במתקן המעצר והחקירה בפתח תקווה, התייחסו אליהם חוקרי השב"כ באופן אכזרי, לא אנושי ומשפיל, העולה כדי עינויים. בפניותיו פירט המוקד את ההתעללויות השונות שעבר כל אחד מהעצורים ודרש להורות על ביצוע חקירה עניינית וממצה, שתביא להעמדתם לדין של האחראים למעשים הבלתי חוקיים, ולעקירה מן השורש של הנוהגים הפסולים והאסורים שעולים מהתלונות.
למעלה משנה מאז נשלחו התלונות, ולמרות תזכורות רבות, התקבלו במוקד תשובות לגבי ארבעה מתלוננים בלבד, מתוכן רק באחת מהתשובות נמסר כי נפתחה חקירה של המחלקה לחקירות שוטרים (מח"ש) כנגד אנשי הביטחון, וגם זאת על התנהגות השב"כ בזמן המעצר ולא בעת החקירה. 13 תלונות לא זכו למענה כלל.
ביום 19.8.2010
עתר המוקד לבג"ץ, להורות ליועץ המשפטי לממשלה לבדוק ביעילות ובמהירות את התלונות על עינויים בזמן חקירות שב"כ, וכן לגבש נוהל של בדיקת תלונות דומות, אשר בין השאר יגדיר מסגרת זמן סבירה לטיפול, כדי למנוע הישנות מקרים של התעלמות ממושכת מתלונות. בעתירה מזכיר המוקד כי אין אדם בישראל שהוא מעל החוק, וכי חוק סדר הדין הפלילי מטיל חובה על המשטרה לחקור כל חשד לביצוע פשע. המוקד מציין כי על פי המשפט הבינלאומי המינהגי, עינויים ויחס אכזרי, לא אנושי ומשפיל, הם מעשים אסורים באיסור מוחלט, וכי אין חולק שגם המשפט הישראלי – על אחת כמה וכמה מאז חקיקת חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, ולאור פסיקתו התקדימית של בית המשפט ב
בג"ץ העינויים – הכיר באיסור מוחלט זה, אשר נגזר מהזכות החוקתית לשלימות גופנית ונפשית, ומהזכות לכבוד; בבג"ץ העינויים הובהר חד משמעית כי עינויים אסורים מבחינה משפטית, ואינם יכולים להיות מקובלים מבחינה מוסרית וחברתית, וכי שימוש באלימות במהלך חקירה עשוי להטיל על החוקר אחריות למעשיו, בין אם פלילית ובין אם משמעתית
.ככל שהזמן עובר וחקירה אין, עולה חשש כי היועץ המשפטי לממשלה אינו מתייחס ברצינות הראויה לחקירת חשדות לעינויים בידי אנשי שב"כ. המוקד מזהיר שטיוח ואי רצון לחקור חשדות לביצוע מעשים אסורים כאלו, מוביל למצב של לית דין ולית דיין, חוקר הישר בעיניו יעשה. 
